员工工伤住院费用由谁垫付要视情况而定，具体如下：
1、工伤医疗费由用工单位或者个人先行垫付；
2、参加了工伤保险的，由工伤保险机构审核报销；没有参加工伤保险的，由用工单位支付。由于工伤治疗限定了药品目录等，一般情况下，超过范围的，工伤保险基金不予报销。
工伤的处理方式如下：
1、首先要到当地劳动部门申请工伤认定，这是所有问题的前提，不申请工伤认定，就无法通过工伤获得赔偿，如果单位不申请的话，职工个人就必须在受伤之日起一年内申请；
2、如受伤被认定为因工受伤，拿到有劳动部门出具的工伤认定决定书后，医药费由用人单位全额垫付，停工留薪期内工资按原待遇发放。停工留薪期内需要护理的由单位负责、住院期间伙食补助费按由工伤职工所在地标准发放；
3、等伤情稳定后可以申请劳动能力鉴定，鉴定工伤等级，然后按照伤残等级计算伤残赔偿数额；
4、如果用人单位不履行上述的义务，工伤职工可以到当地劳动监察大队投诉或直接去劳动仲裁委员会提请仲裁申请，维护自己的合法权益。
综上所述，工伤职工住院费用，由用人单位垫付。但对于已经符合出院条件，不出院的可以停止支付工伤保险待遇。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第三十九条
因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：
（一）治疗工伤期间的工资福利；
（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。