如果用人单位的规章制度有相关规定的，则因员工请病假三个月不发年终奖是合理的。用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，可以依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。年终奖是指每年度末企业给予员工不封顶的奖励，是对一年来的工作业绩的肯定，可由单位依法规定在其规章制度中。
一、用人单位必须发年终奖吗
目前的法律、法规并无要求用人单位发放年终奖的具体规定。年终奖金是员工的一种特殊奖励，是否发放及发放标准一定程度上属于用人单位自主经营权的范畴，发放年终奖并非用人单位必须承担的强制性义务。
一般来说，在以下情形中，员工有权要求单位发放奖金：
(1)符合用人单位规章制度规定的年终奖发放条件;
(2)劳动合同中明确约定了年终奖金的数额或计算方法的;
(3)用人单位已经对员工作出向其发放年终奖的承诺或决定的。
二、工龄工资有什么用
工龄工资的作用：有利于体现“行赏”的原则。“抛物线”工龄工资实施后，新员工可以从服务年限开始享受工龄工资，而在企业工作年限较长的员工可以获得更多的工龄工资。企业可以在推行新的工龄工资的同时，灌输一种观念，有利于打破“工龄”现象。它有助于提高员工的积极性，降低员工的流失率。《中华人民共和国劳动法》第四十六条、四十七条、四十规定，用人单位工资分配遵循按劳分配原则，实行同工同酬和最低工资保护，用人单位工资分配方式和工资水平属于自主权，由用人单位依法自主确定。
三、没到年底辞职有年终奖吗
没到年底辞职一般会有年终奖。具体如下：
1、如果在劳动合同或其余书面材料里，有明确的约定，那么考核年度结束后离职的，应该支付年终奖；
2、如果没有书面的约定，企业根据年底效益随即或临时性决定发放的，离职的员工可以不发年终奖。 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
【本文关联的相关法律依据】
《工资支付暂行规定》第十七条
用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。