病假三个月不发年终奖是否合理，要看用人单位的规章制度是否有相关规定。根据《工资支付暂行规定》第十七条，用人单位可以自主确定工资分配方式和工资水平，并在规章制度中规定年终奖。如果劳动合同中规定了年终奖发放，则不发年终奖是违法行为。用人单位未按约定支付劳动报酬、加班费或经济补偿，劳动行政部门可责令支付，并加付赔偿金。因此，公司不发年终奖是否合法取决于合同约定和相关法律规定。
法律分析
一、病假三个月不发年终奖是不是合理的
1、如果用人单位的规章制度有相关规定的，则因员工请病假三个月不发年终奖是合理的。用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，可以依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。年终奖是指每年度末企业给予员工不封顶的奖励，是对一年来的工作业绩的肯定，可由单位依法规定在其规章制度中。
2、法律依据：
《工资支付暂行规定》第十七条，用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。
二、公司不发年终奖是否合法
1、这要看与公司签订的劳动合同当中是否包含年终奖的发放事宜，如果劳动合同当中规定的，年终奖的发放，那么公司不发年终奖则是违法行为。如果没有规定则是合法的。
2、用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(1)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(2)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(3)安排加班不支付加班费的;
(4)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
结语
合理与否需根据用人单位规章制度和劳动合同约定判断。若规定病假三个月不发年终奖，则合理；年终奖是对工作业绩的肯定，可在规章制度中规定。如劳动合同约定发放年终奖，公司不发则违法；劳动行政部门可责令支付劳动报酬、加班费或经济补偿。根据法律规定，用人单位应制定工资支付制度并告知劳动者。请咨询专业律师以获取具体建议。
法律依据
中华人民共和国社会保险法：第一章 总 则 第六条 国家对社会保险基金实行严格监管。
和省、自治区、直辖市建立健全社会保险基金监督管理制度，保障社会保险基金安全、有效运行。
县级以上采取措施，鼓励和支持社会各方面参与社会保险基金的监督。
中华人民共和国社会保险法（2018修正）：第七章 社会保险费征缴 第六十一条 社会保险费征收机构应当依法按时足额征收社会保险费，并将缴费情况定期告知用人单位和个人。
中华人民共和国社会保险法：第一章 总 则 第一条 为了规范社会保险关系，维护公民参加社会保险和享受社会保险待遇的合法权益，使公民共享发展成果，促进社会和谐稳定，根据，制定本法。