城镇医疗保险和农村合作医疗有以下区别：
1、覆盖人群不同：
新型农村合作医疗面向具有农村户籍的居民；
城镇居民医保面对的是具有城镇户籍的城镇非从业人员，在城区学校就读的在校学生不受户籍，均可以参加城镇居民医疗保险。
2、是管理的部门不同：
城镇居民医保主要由门管理，新农合多数地方由卫生部门管理。
3、是保障待遇的侧重点不同：
城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保。
4、缴费标准和待遇标准不同：
各统筹地区规定的城镇居民医保缴费标准（成年居民）略高于新型农村合作医疗，但低于城镇职工医保。基本医疗保险的待遇标准，总体上略低于城镇职工医保，但高于新型农村合作医疗。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。